El área de Desarrollo Sostenible y Salud Ambiental se ocupa de normar, vigilar, regular y controlar los factores ambientales de riesgo para la salud, a través de los siguientes ejes programáticos:

• Agua y saneamiento
• Residuos sólidos municipales
• Calidad del aire
• Contaminación ambiental
• Sustancias peligrosas (ej. plaguicidas)
• Residuos peligrosos
• Salud de los trabajadores
• Salud de los pueblos indígenas
• Vivienda saludable
• Preparación y prevención ante los desastres
• Investigación y diseminación del conocimiento

Objetivos:

Nuestra área se involucra con una amplia variedad de instancias oficiales y privadas, entre las que destacan los Ministerios de Salud Pública y Asistencia Social (MSPAS), de Medio Ambiente y Recursos Naturales, de Agricultura, de Trabajo, el Instituto Salvadoreño de Seguridad Social, el Comité de Emergencia Nacional, las municipalidades, varias universidades, el Instituto Salvadoreño de Desarrollo Municipal, la Corporación de Municipalidades de la República de El Salvador, y varias ONG como la Red de Agua y Saneamiento de El Salvador, la Corporación Americana de Remesas al Exterior, la Asociación Nacional de la Defensa, Desarrollo y Distribución Ecológica de Agua a Nivel Rural, Project Concern Internacional, etc.